En concordancia con las competencias del Servicio Agrícola y Ganadero, la División de Protección Pecuaria es responsable de la protección, mantención e incremento  del patrimonio zoosanitario nacional, así como de la certificación zoosanitaria y de aptitud de consumo humano de los productos pecuarios primarios de exportación.

Para llevar a cabo estas responsabilidades, la División se organiza internamente en tres departamentos, los cuales definen las políticas nacionales de sanidad animal, inocuidad y certificación para la exportación de los productos e insumos de origen animal, y gestionan programas, proyectos específicos y planes institucionales, tanto a nivel central como regional.

Esta estructura fue oficializada por la Resolución N° 2.197, del 2 de mayo de 2016, que detalla las funciones de cada departamento y subdepartamento, los cuales se muestran en el siguiente diagrama: