La Ley 20.089, que crea el Sistema Nacional de Certificación de Productos Orgánicos Agrícolas, establece las condiciones para la comercialización de productos bajo la denominación de orgánico o sus equivalentes. Una de estas condiciones es que todo producto denominado orgánico, biológico o ecológico debe estar debidamente certificado por una entidad inscrita en el Registro del Sistema Nacional de Certificación Orgánica.

Se informa a todos los usuarios del sistema de certificación orgánica que a través del Decreto Supremo N°3/2016, (el cual entrará en vigencia en junio de 2017) fue derogado el reglamento DS 36/2016 de la ley 20.089 y que fue derogada la Norma Técnica DS 17/2007 por el DS 2/2016 (actualmente en plena vigencia), ambos documentos fueron publicados en el diario oficial.

Antecedentes requeridos para la inscripción en el Registro del Sistema Nacional de Certificación Orgánica:

• Instructivo para Inscripción de Organismos de Certificación y Organizaciones de Agricultores Ecológicos
• Registro del Sistema Nacional de Certificación Orgánica
• Tarifas
• Register of the National Organic Certification System 
• Para más información también puede consultar por la "importación y "exportación" de productos orgánicos.

Formularios para postular:

La certificación orgánica chilena contempla dos sistemas los cuales son directamente fiscalizados por el SAG:

Sistema de Certificación de tercera parte

Sistema de Certificación de primera parte

También llamado Certificación Participativa, 

Para utilizar la denominación de orgánicos, ecológicos o biológicos en sus productos, las Organizaciones de Agricultores Ecológicos, deberán autocertificarse y registrarse ante el SAG, cumpliendo con la normativa vigente de Agricultura Orgánica.